Ищу все файлы так:

  wxstring f = wxfindfirstfile("/home/project/*.*");
  while ( !f.empty() )
  {
    ...
    f = wxfindnextfile();
  }

Но так я нахожу только файлы и папки в текущей папке, как мне бы мне сделать так, чтобы и в подпапках можно было и скать и тд?

Рекурсивно.
Примерно так:

void processFile(const wxstring &file)
{
  ...
}

void processFolder(const wxstring &folder)
{
  wxstring f = wxfindfirstfile(folder);
  while ( !f.empty() )
  {
    processFile(f);
    f = wxfindnextfile();
  }
  
  f = wxfindfirstdirectory(folder);
  while ( !f.empty() )
  {
    processFolder(f);
    f = wxfindnextdirectory();
  }
}

Только название ф-ции wxfindfirstdirectory уточни(это я с потолка взял) .

Доработаю немного:

void processFolder(const wxstring &folder)
{
  wxstring f = wxfindfirstfile(folder, wxfile);
  while ( !f.empty() )
  {
    processFile(f);
    f = wxfindnextfile();
  }
  
  f = wxfindfirstfile(folder, wxdir);
  while ( !f.empty() )
  {
    processFolder(f);
    f = wxfindnextdirectory();
  }
}

Понял. Спасибо.