Не понял а при чем здесь сигналы QAbstractItemModel

Например dataChanged - это сигнал объявленный именно в QAbstractItemModel.
Ты его должен сгенерить (emit dataChanged...) когда данные изменяются.
Остальные можешь или тоже руками сгенерить, или, лучше, воспользоваться защищёнными функциями, которые не только его сгенерят но и ещё что-то там сделают (см исходники что именно).

Кто-нить может подсказать какими лучше пользоваться защищёнными функциями

лучше пользоваться лучше защишенными.
у тебя талант задавать философские вопросы на программисткую тему

Ты ассистент открой и погляди. Если что конкретно будет не понятно - спрашивай.

Как выяснилось в мою модель от класса CMyClass приходит только сигнал, nodeBeforeDestroyed
для обновления своего TreeView в модели, я делаю так:

void MyModel::nodeBeforeDestroyed(int nCode, CMyClass &Value)
{
    /*
      CMyClass имеет свойство markDeleted, которое = true если экземляр CMyClass'a помечен на удаление,
      так вот у данного Value.markDeleted==true
    */
    int i = indexOf(Value.getOwner(), &Value);
    QModelIndex idx = indByNode(*Value.getOwner());
    beginRemoveRows(idx, i, i);
    /*
       удалять здесь по настоящему Value через delete нельзя т.к. он удаляется самим классом в нужный момент
       я всего лишь должен не отображать его в TreeView
       */

    endRemoveRows();
}

Приведенный мною код не работает должным образом (для понимания необходимо прочитать коменнтарии
в приведенном коде. Вот я думаю может надо в виртуальных функциях: index, parent и.т.
ввести признак по markDeleted

Что значит "код не работает должным образом"? Что происходит то?

Раз у тебя есть markDeleted, то естественно отображать такие узлы не нужно и флаг должен учитываться.
Ну и кроме того, может ввести сигнал nodeAfterDestroyed - тогда модель удаления будет точно соответствовать Qt-ёвой.

происходит следующее, если есть вот такое дерево:
root
|___child1
|___child2
|___child3
|___child4
|___child5
|``````|
|``````|__child51
|``````|
|``````|__child52
так вот если скажем child4 помечен на удаление т.е markDeleted == true, то в дереве перестает
отображаться не только child4, но и child5 c его детьми.
По поводу того, что необходимо учитывать markDeleted, возникает вопрос как его учитывать и
в каких виртуальных ф-циях QAbstractItem

Помеченный на удаление не должен учитываться в количестве и должен пропускаться в индексе.
Почему у тебя перестаёт отображаться child5 я не в курсе - видимо где-то ошибка.

Мог бы имена этих ф-ций перечислить, я так понимаю
rowcount
index
parent

еще какие-нить?