Любой запрос (сама функция exec) выполняется 40 милисекунд, а в phpmyadmin выполняется мгновенно

Мнгновенно это сколько в миллисекундах?

Отображение строк 0 - 24 (4274 всего, Запрос занял 0.0018 сек.)

Это возможно сравнение яблок с апельсинами. 0.0018 это то что показывает phpmyadmin, я если честно не знаю, как он меряет, что он включает в это время и как вы меряли 40 мс.
Приложите пожалуйста минимальный проект с бенчмарком чтобы можно было конкретно уже смотреть.

Кроме того - существует ли проблема вообще? Т.е. вы наблюдаете тормоза при вставке или вам просто не нравится число 40? Попробуйте вставить много строк, увеличивается ли время пропорционально? Как вы меряли время?

Согласитесь, что несколько странно видеть сишный код в 20 раз медленнее php, не верю

int id;

DB = QSqlDatabase::addDatabase("QMYSQL");
DB.setHostName("xxx.xxx.xxx.xxx");
DB.setDatabaseName("xxxxxxxx");
DB.setUserName("xxxxxxx");
DB.setPassword("xxxxxxxxxxx");
QSqlQuery* queryI;
QTime time;
queryI=new QSqlQuery(DB);
queryI->setForwardOnly(true);
queryI->prepare("INSERT INTO subtags(p_id,p_tag,item) VALUES(:p_id,:p_tag,:item)");
QSqlQuery query;
query.setForwardOnly(true);
query.prepare("SELECT id,subject_id,FROM objects");
while (query.next()) {
id=query.value(0).toString();
...
// цикл вставки где меняется p_tag и item
queryI->bindValue(":p_id",id);
queryI->bindValue(":p_tag","walling_type");
queryI->bindValue(":item",AllObject[ind].WALLING_TYPE);
time.start();
if (!queryI->exec())
            qDebug()<<"error update insert WALLING_TYPE"<<id;
else qDebug()<<time.elapsed(); // здесь каждый запрос 40 мс
...
}

Соответственно когда селект возвращает примерно 4000 объектов и внутренний цикл содержит примерно 10-20 item получается слишком долго

Во первых QTime на Windows возвращает с точностью кратной то ли 15, то ли 20 мс, в любом случае, это слишком плохо.
Попробуйте QElapsedTimer, интерфейс тот же, а точность обычно лучше.
http://doc.qt.io/qt-4.8/qelapsedtimer.html

Если все равно 40 мс будет получаться, замерьте время всего цикла(с 40000-80000 вставок) и разделите, тогда получите точное время.

40000-80000 вставок это довольно много, попробуйте все таки execBatch и если не поможет, то попробуйте просто слепить в строке нужный запрос на вставку всех строк за раз и его выполнить - получите скорость вставки напрямую.

Спасибо большое, слепить запрос в одну строку помогло. execBatch пробовал он не поддерживается