Попробуй через меню пуск "Microsoft Visual Studio 2010" -> "Visual Studio Tools" -> "Командная строка Visual Studio (2010)" (у меня так).

Студия установлена в c:\Program Files
Мои действия:

cmd //(консоль)
cd simple_plot //(консоль)
через командную строку VS запустил vcbarsall.bat
через консоль запустил:
"полный путь.." \qmake.exe
qmake qwt.pro - ругнулся, что qmake не является исполняемым файлом и все прекратилось, я так думаю что он его не нашел. В моих переменных окружения прописан путь к qmake

Пробуй явно указать путь до qmake.
Пример:
cmd
cd simple_plot
C:\Qt\Desktop\bin\qmake.exe qwt.pro

c:\Program Files\Qwt\examples\simple_plot>nmake

Microsoft ® Program Maintenance Utility Version 10.00.30319.01
Copyright © Microsoft Corporation. All rights reserved.

cl -c -nologo -W3 -DQT_DLL -DQWT_DLL -DQT_THREAD_SUPPORT -DNO_DEBUG -I".
.\..\include" -I"c:\Qt\Qt5.0.1\5.0.1\msvc2010\include" -Foobj\simple.obj simple.
cpp
"cl" не является внутренней или внешней
командой, исполняемой программой или пакетным файлом.
NMAKE : fatal error U1077: 'cl' : return code '0x1'
Stop.

все тоже самое , дошел до nmake и все захлебнулось. В Makefile содержится то, на что ругается nmake.

Кто мне скажет зачем нужно запускать vcvarsall.bat?

cl - это компилятор от студии.
Пишет ошибку что не может его найти, т.к. скорее всего пути к нему нет в переменной PATH.
vcvarsall.bat устанавливает переменные окружения (PATH и т.д.) чтобы можно было пользоваться студийными средствами.